La commission de déontologie est un organe de la pastorale. Elle peut être saisie lorsqu'un membre de la société pastorale enfreint le code de déontologie ou lorsqu'il existe des soupçons à ce sujet. Si la commission de déontologie reçoit un rapport, elle doit se prononcer sur les reproches, mais n'a pas de pouvoir administratif sur les collègues. Son fonctionnement est explicité dans son règlement.
Les règles de déontologie veulent donner aux pasteur·es "une certaine sécurité au sein de l'exercice de sa profession.Elles lui donnent le cadre dans
lequel il peut et doit se situer. Elles doivent en ce sens créer la transparence et éviter les situations
floues. Elles veulent en outre: protéger l’être et l’intégrité spirituelle et physique de tout homme qui rencontre le pasteur dans le cadre de son activité. et protéger le statut professionnel des pasteurs et promouvoir la collégialité.", cf. art.2.2 du code de déontologie.